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    Ceinge, variante Delta nel 9% delle sequenze depositate in Italia

    In crescita la diffusione della variante Delta in Italia e attualmente corrisponde al 9% del totale delle sequenze genetiche del virus SarsCoV2 depositate dal nostro Paese nella banca dati internazionale Gisaid: lo indica l’analisi fatta per l’ANSA dal Gruppo di Bioinformatica del centro Ceinge-Biotecnologie avanzate diretto da Giovanni Paolella. Fra gli autori della ricerca Rossella Tufano e Angelo Boccia, che precisano che le statistiche frutto dell’analisi “sono basate sulle sequenze pubblicate in Gisaid e, inevitabilmente, non possono rappresentare l’esatta diffusione del virus sul territorio”. Dall’analisi emerge inoltre che Puglia (35%) e Trentino Alto Adige (26%) sono le regioni in cui la variante Delta risulta essere attualmente più diffusa. I dati esaminati nella banca Gisaid sono aggiornati al 21 giugno 2021 e l’analisi indica che, delle 1.193 sequenze depositate in totale, 108 (circa 9%) corrispondono alla variante Delta (B.1.617.2). Si nota un “aumento – rilevano i ricercatori – rispetto a quanto riportato per il periodo 15/05/2021 – 16/06/2021, in cui la variante Delta corrispondeva al 3.4%”.
    L’analisi dei Ceinge indica inoltre che la variante Alfa continua ad essere preponderante, con 883 sequenze depositare, pur passando dal precedente 79% all’attuale 74%. Per quanto riguarda le regioni, la maggior parte delle sequenze che corrispondono alla variante Delta arriva dalla Puglia (38, pari a circa il 35%), seguita da Trentino-Alto Adige (28, 26%), Veneto (20, circa 18%), Umbria (11, 10%), Sardegna (5, 5%), Campania (3, 3%), Lazio, Sicilia e Lombardia (1 ciascuna, 1%) Che si debba andare a pescare i dati nel mare di sequenze immagazzinate nelle banche internazionali si deve, purtroppo, al fatto che ad accezione della Gran Bretagna, tutto il mondo sta raccogliendo poche sequenze del virus e non fa eccezione l’Italia. “Poche sono le sequenze di genomi virali prodotti in Italia e disponibili in banche dati”, osserva il genetista Massimo Zollo, dell’Università Federico II di Napoli e coordinatore della Task force Covid-19 del Ceinge. Diversi, secondo Zollo, i fattori che spiegano lo scarso numero di sequenze ottenute in Italia. “Il numero di ‘nuovi’ positivi sicuramente influenza l’andamento delle poche sequenze prodotte in quest’ultimo mese. Si nota che la rete del tracciamento sul territorio dei positivi si è allentata, ci sono meno addetti utilizzati per questa emergenza. Infine i laboratori sembrano aver esaurito le scorte, i fondi per acquistare materiali per sequenziare e il personale per generare i dati e, cosa più importante, i centri di eccellenza se pur attrezzati non sono coinvolti, riducendo quindi la capacità di essere efficaci nei tempi nell’ottenere e tracciare la variante in tempi brevi” . Per il genetista “occorre identificare centri ad hoc che diano continuità alla azione nel sequenziamento, l’unica arma al tracciamento rapido nell’identificare le nuovi varianti, il costo ed i tempi nell’ottenere il sequenziamento dell’intero genoma virale sono ora resi molto competitivi quindi bisognare accelerare in questa direzione come stanno facendo Regno Unito e Germania”. LEGGI TUTTO

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    Nello spazio per 'fotografare' le proteine

    (ANSA) – TRENTO, 22 GIU – Un esperimento di biologia
    strutturale, legato all’innovativo protocollo Ppi-Fit sviluppato
    dal team di ricercatori coordinati dall’Università di Trento, si
    sposterà nello spazio, sulla Stazione internazionale orbitante,
    dove, nel gennaio 2022, i ricercatori cercheranno di osservare
    il processo di ripiegamento di una proteina grazie ad un
    laboratorio in miniatura.L’obiettivo è quello di osservare un fenomeno che il team di
    ricercatori è riuscito a predire al computer, creando
    un’importante novità nella farmacologia e che sarà ora indagata
    in modo diretto, sottolineano il Dipartimento di biologia
    cellulare, computazionale e integrativa e il Dipartimento di
    fisica dell’Università di Trento. Un approccio nuovo che
    consiste nell’identificare piccole molecole in grado di bloccare
    il processo di ripiegamento (folding) di una proteina coinvolta
    in un processo patologico. Mentre la farmacologia tradizionale
    agisce sulle proteine quando questo ripiegamento è ultimato, il
    protocollo Ppi-Fit consente di intervenire prima che le proteine
    abbiano preso forma. Un metodo che ha aperto a novità rilevanti
    per la produzione di farmaci, ma che mantiene ad oggi una zona
    d’ombra ancora da indagare, una mancanza di evidenze dirette che
    potrebbe presto essere illuminata grazie ad un viaggio nello
    spazio. “Abbiamo molte evidenze sperimentali indirette che il
    nostro metodo funziona – spiega il fisico di UniTrento Pietro
    Faccioli – vediamo cioè che gli effetti della nostra azione sono
    proprio quelli che ci aspettiamo. Però non siamo in grado di
    osservare sperimentalmente i passaggi attraverso i quali il
    nostro intervento si compie, perché sulla terra le condizioni
    non consentono di cristallizzare e dunque osservare gli stadi
    intermedi del ripiegamento di una proteina. In assenza di queste
    osservazioni, dobbiamo affidarci alle nostre simulazioni al
    computer”.Il team scientifico dell’esperimento ZePrion comprende il
    team di UniTrento composto da Emiliano Biasini, Pietro Faccioli,
    Graziano Lolli, Ines Mancini e Giovanni Spagnolli, Maria Letizia
    Barreca dell’Università di Perugia e scienziati delle università
    di Santiago di Compostela e Tel Aviv e dell’azienda Space
    Pharma. (ANSA). LEGGI TUTTO

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    Nell'universo giganteschi filamenti di galassie in rotazione

    Non solo pianeti e galassie: la rotazione è un movimento comune in tutto l’universo. Lo dimostrano filamenti di galassie lunghi fino a centinaia di milioni di anni luce, che ruotano costantemente. È quanto emerge dallo studio pubblicato sulla rivista Nature Astronomy, coordinato dall’Istituto tedesco Leibniz per l’astrofisica di Potsdam.
    I filamenti, giganteschi tubi fatti di galassie, sarebbero le più grandi strutture rotanti conosciute nell’universo. “Così vaste da far apparire in confronto singole galassie come granelli di polvere”, spiega Noam Libeskind, dell’Istituto tedesco Leibniz, tra gli autori dello studio.
    La ricerca è basata sui dati raccolti dalla campagna osservativa Sloan Digital Sky Survey (Sdss) e su simulazioni al computer. Gli autori dello studio hanno analizzato, in particolare, più di 17.000 strutture filamentose. Studiando la velocità delle galassie, i ricercatori hanno scoperto che il modo in cui si muovevano suggeriva che stessero ruotando attorno all’asse centrale di singoli, enormi, filamenti. A velocità che possono raggiungere i 360.000 chilometri orari.
    L’ipotesi degli esperti è che gran parte della materia, sotto forma di gas, originata dopo il Big Bang, circa 13,7 miliardi di anni fa, sia collassata per formare strutture simili a colossali fogli. Questi fogli poi, secondo gli studiosi, si sarebbero separati per formare i filamenti di una vasta rete cosmica.
    Tutto è in rotazione nel cosmo: lune, pianeti, stelle e galassie. Perfino i giganteschi ammassi di galassie ruotano, anche se spesso molto lentamente. “Eravamo convinti – conclude Libeskind – che proprio a questo livello potesse arrestarsi la rotazione delle strutture celesti su scale cosmiche”. L’esistenza di questi enormi filamenti di galassie, invece, rimetterebbe adesso in gioco questa ipotesi. LEGGI TUTTO

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    Variante Delta: FT, in Italia è quinta al mondo con il 26% dei casi

    Con il 26% dei casi, l’Italia è al quinto posto nel mondo fra i Paesi in cui è maggiore la circolazione della variante Delta. E’ la stima pubblicata dal Financial Times sulla base delle sequenze genetiche del virus depositate nella banca internazionale di dati genetici Gisaid e dei dati provenienti dall’istituto di ricerca belga Sciensano. Le stime indicano inoltre che la variante Delta è dominante in Gran Bretagna e Portogallo, dove la concentrazione è rispettivamente del 98% e il 96%. Seguono gli Stati Uniti con il 31%, quindi Italia (26%), Belgio (16%), Germania (15%), Francia (6,9%).
    L’analisi del Financial Times indica inoltre che in Gran Bretagna, Portogallo e Russia all’aumento della diffusione della variante Delta corrisponde un progressivo calo nella circolazione della variante Alfa. Questa tendenza non è invece ancora presente negli Stati Uniti, in Italia, in Belgio e in Germania, dove la variante Alfa sembra essere ancora quella decisamente dominante.
    Ottenere il maggior numero di sequenze genetiche del virus è fondamentale per riuscire a seguire la diffusione della variante Delta, che secondo alcuni esperti sentiti dal Financial Times è probabilmente destinata a soppiantare ovunque la variante Alfa per la maggiore facilità con cui si trasmette. Il quotidiano osserva che, a fronte delle 500.000 sequenze del virus SarsCoV2 ottenute dalla Gran Bretagna, la Germania ne ha ottenute 130.000, la Francia 47.000 e la Spagna 34.000.
    Per l’Italia non è riportato alcun dato. Il sequenziamento “è costoso, richiede tempo ed è stato trascurato”, rileva sul Financial Times il direttore dell’Institute of Global Health a Ginevra, Antoine Flahault. Resta da chiarire il motivo del ritmo diverso con il quale la variante Delta si sta diffondendo in Europa, ma il punto sul quale in molti sono d’accordo è che una delle principali contro misure sia accelerare con le campagne di vaccinazione anti Covid-19 in modo da rallentare la circolazione del virus il più possibile. “C’è un messaggio che tutti dobbiamo avere molto chiaro: non è finita”, osserva sul quotidiano il virologo Bruno Lina, dell’Università ‘Claude Bernard’ di Lione. LEGGI TUTTO

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    Al via l’istallazione dei pannelli solari roll-up sulla Stazione Spaziale

    Sono iniziati i lavori per l’istallazione dei nuovi pannelli solari della Stazione Spaziale Internazionale (Iss): il primo dei 6 nuovi pannelli roll-up è stato srotolato con successo dagli astronauti Thomas Pesquet, dell’Agenzia Spaziale Europea (Esa), e Shane Kimbrough, della Nasa, durante un’attività extraveicolare (Eva). I sei nuovi pannelli garantiranno all’Iss una potenza di 120 kilowatt.

    The 60-foot-long roll out solar arrays have successfully deployed as the space station soared over the United States. #AskNASA | https://t.co/yuOTrYN8CV pic.twitter.com/6mQOQ2Fj5n
    — International Space Station (@Space_Station) June 20, 2021

     
    E’ stato completato in poco più di 6 ore il lavoro di srotolamento e connessione alla rete di alimentazione del primo dei 6 nuovi pannelli fotovoltaici iRosa (Iss Roll-Out Solar Arrays) realizzati dalla Boeing. Diversamente dai pannelli ‘tradizionali’, i nuovi dispositivi sono delle sottili pellicole flessibili lunghe 19 metri e larghe 6 disposte in cilindri che vengono srotolati come dei roll-up. I nuovi pannelli verranno srotolati al di sopra delle strutture dei pannelli preesistenti che in questi 20 anni di funzionamento hanno gradualmente perso parte della loro efficienza. Gli iRosa copriranno però solo una parte della superficie dei precedenti, che continueranno ancora a lavorare. Nel complesso la capacità energetica dell’intera stazione dovrebbe aumentare di circa il 20-30%. Un primo prototipo di iRosa era stato testato con successo nel 2017 e i nuovi 6 dispositivi, molto più compatti e leggeri rispetto ai pannelli tradizionali, erano stati portati in orbita dall’ultimo cargo Dragon attraccato alla Iss il 5 giugno. Lo srotolamento del primo pannello ha impiegato solo una decina di minuti ma l’intera operazione ha richiesto un lungo lavoro di preparazione e riconnessione finale dei cavi. Si prevede ora di istallare il secondo pannello in una nuova Eva programmata per il 25 giugno. LEGGI TUTTO

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    Variante Delta, in arrivo i test per riconoscerla

    In arrivo anche in Italia nuovi test in grado di riconoscere la variante Delta del virusSarsCoV2. Rispetto a quelli attualmente utilizzati per la diagnosi, non cercano le mutazioni nella proteina in cui queste si concentrano maggiormente, ossia la Spike utilizzata dal virus per invadere le cellule, ma cercano una mutazione chiamata N501Y, presente in tutte le principali varianti finora note tranne che nella Delta, in particolare la B.1.671.2, che è la più diffusa delle tre varianti identificate in India. “Servono nuovi criteri di analisi dei tamponi con un’alta carica virale per riuscire a individuare la variante Delta”, osserva il virologo Francesco Broccolo, dell’Università di Milano Bicocca e e direttore del laboratorio Cerba di Milano. L’appello del virologo è a” modificare quanto prima i criteri per lo screening e ad aggiornare i test per la ricerca delle varianti che destano preoccupazioni”. Al momento, prosegue, “non abbiamo un monitoraggio della circolazione di questa variante, contrariamente a quanto avviene in Gran Bretagna, dove è attivo un programma nazionale per il sequenziamento” e “la procedura attuale consiste nel fare il tampone con test non aggiornati sull’attuale quadro epidemiologico italiano, che prevede la presenza della variante Alfa nel 95% dei tamponi positivi”. Il nuovo test in arrivo permette invece di rilevare la mutazione N501Y, che è presente nella variante Alfa (B.1.1.7) identificata per la prima volta in Gran Bretagna, nella Beta (B.1.351) identificata in Sudafrica e nella Gamma (P.1) identificata in Brasile. Questo primo screening “è necessario”, secondo il virologo, in quanto “l’assenza della mutazione N501Y in un tampone positivo farebbe immediatamente scattare il nuovo algoritmo diagnostico, che potrebbe prevedere l’immediata ricerca della variante Delta”. Questo, prosegue l’esperto, sarebbe possibile grazie a un “test di cattura delle varianti che potrebbe rilevare mutazioni specifiche della variante Delta, come la L452R, ma anche delle varianti Beta e Gamma, come K417N e E484K, che sono note sfuggire, almeno parzialmente, ai vaccini dopo la prima dose e in alcuni casi dopo la seconda”. I nuovi test per la diagnosi delle varianti si annunciano come uno strumento che può dare un contributo importante per ottenere una stima delle varianti del virus SarsCoV2 in circolazione soprattutto, rileva, “in un contesto in cui soltanto poco più di un quarto della popolazione è stata vaccinata con la doppia dose, è necessario fare un monitoraggio stretto della variante Delta e di altre varianti pericolose. I vaccini – conclude – non sono l’unica soluzione”. LEGGI TUTTO

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    Covid, tutte le domande aperte sulle varianti

    A sorpresa, ben due varianti del virus SarsCoV2 sono capaci di trasmettersi molto facilmente nonostante una carica virale molto bassa, ossia si trasmettono anche se sono poche le copie del materiale genetico del virus presenti in un millilitro di materiale biologico prelevato con il tampone. E’ solo l’ultimo dei tanti punti interrogativi sulle varianti in circolazione e si aggiunge alle tante domande già aperte: dalla capacità di sfuggire ai vaccini ai nuovi scenari che si potrebbero determinare.Basandosi sul sequenziamento del genoma del virus e sull’analisi della carica virale, il gruppo della Johns Hopkins School of Medicine guidato da Adannaya Amadi ha scoperto che l’alta capacità di trasmettersi nonostante la bassa carica virale sono caratteristiche sia variante Alfa (B.1.1.7) identificata per la prima volta in Gran Bretagna, sia della Beta (B.1.351) identificata in Sudafrica. Il risultato è stato presentato nel congresso mondiale di Microbiologia in corso negli Stati Uniti, a Baltimora, fino al 24 giugno. “Sebbene le due varianti siano associate a una capacità di trasmissione più elevata, i pazienti nei quali sono state rilevate non mostrano di avere cariche virali più alte nelle vie respiratorie superiori rispetto al gruppo di controllo”, osservano i ricercatori. I risultati indicano poi che le persone colpite dalle varianti Alfa e Beta “hanno meno probabilità di essere asintomatiche rispetto al gruppo di controllo” e che “sebbene non abbiano una rischio maggiore né di morte né di ricovero in terapia intensiva, hanno maggiori probabilità di essere ricoverate in ospedale”. Il perché le due varianti si trasmettano nonostante la bassa carica virale, “non è ancora chiaro”, ha detto Amadi. Fra le ipotesi, c’è quella secondo cui “la più alta trasmissibilità delle varianti Alfa e Beta non sia dovuta a una maggiore replicazione del virus che determina un’intrinseca più alta dose infettiva, ma potrebbe essere associata a un attachment, ossia a un aggancio più forte al recettore Ace”, ha osservato il virologo Francesco Broccolo, dell’Università di Milano Bicocca, riferendosi al recettore delle cellule umane che è una delle principali porte d’ingresso del virus SarsCoV2. Finora il legame fra trasmissibilità e alta carica virale era stata una certezza, ma il nuovo risultato costringe ad alzare la guardia in fatto di tracciamento, considerando che non tutti i test sono in grado di rilevare la presenza del virus se la carica virale è bassa. Se le varianti dovessero sfuggire ai controlli, la circolazione del virus potrebbe aumentare e, con essa, la probabilità che avvengano delle mutazioni capaci di portare alla comparsa di nuove varianti. Un problema analogo si porrebbe se le varianti riuscissero a sfuggire ai vaccini e, in generale, resta da capire il ruolo che la loro capacità di trasmettersi potrebbe avere nella loro diffusione durante l’estate, in seguito alle riaperture e alla ripresa dei viaggi. LEGGI TUTTO

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    Funziona nei topi il primo vaccino a mRna contro la malaria

    La nuova tecnologia dei vaccini a Rna messaggero, sviluppata in tempi record per combattere la pandemia di Covid-19, inizia a dare i suoi frutti anche nella lotta ad altre malattie: lo dimostra il successo ottenuto nella sperimentazione sui topi del primo vaccino a mRna contro la malaria, sviluppato dalla più grande struttura di ricerca biomedica amministrata dal Dipartimento della Difesa degli Stati Uniti, il Walter Reed Army Institute of Research (WRAIR), in collaborazione con il Centro di ricerca medica della marina americana (Nhrc), l’Università della Pennsylvania e l’azienda biotech Acuitas Therapeutics. I risultati sono pubblicati sulla rivista npj Vaccines.
    Ogni anno si registrano nel mondo più di 200 milioni di casi di malaria con circa 400.000 di decessi. La lotta a questa malattia infettiva rappresenta una priorità per il Dipartimento di Difesa degli Stati Uniti, dal momento che molte truppe americane sono dislocate in regioni del mondo dove la malaria è endemica.
    Attualmente il prodotto più avanzato è il vaccino RTS,S, basato sulla proteina CS che ricopre la superficie del parassita della malaria (Plasmodium falciparum) allo stadio infestante di sporozoite. Sebbene il vaccino rappresenti un importante strumento di contrasto alla malattia, studi sul campo hanno evidenziato alcuni limiti che hanno spinto i ricercatori a valutare nuove tecnologie per lo sviluppo di vaccini di seconda generazione.
    “I recenti successi dei vaccini anti-Covid evidenziano i vantaggi delle piattaforme basate sull’mRna, soprattutto la progettazione estremamente mirata, la produzione rapida e flessibile e la capacità di sollecitare una forte risposta immunitaria in un modo non ancora esplorato”, spiega Evelina Angov del WRAIR. “Il nostro obiettivo è tradurre questi progressi in un vaccino sicuro ed efficace contro la malaria”.
    Come il vecchio vaccino RTS,S, anche il nuovo basato sull’mRna si focalizza sulla proteina CS: invece che somministrarla già pronta, introduce nelle cellule un Rna messaggero che porta le istruzioni per produrla. Questo mRna è veicolato da nanoparticelle lipidiche che lo proteggono dalla degradazione e aiutano a stimolare il sistema immunitario. “Il nostro vaccino ha determinato alti livelli di protezione dalla malaria nei topi”, sottolinea Katherine Mallory del WRAIR. “Sebbene resti ancora molto lavoro da fare prima dei test clinici sull’uomo, questi risultati rappresentano un segnale incoraggiante della possibilità di ottenere un vaccino a mRna efficace”. LEGGI TUTTO